1 项目进展情况
根据项目进展计划要求，目前已按计划完成下列工作。
1.1收集、查阅国内外相关文献，进行相关实验前的准备工作
通过查阅文献，发现赤颈鸫（Turdus ruficollis）为鸫科（Turdidae）鸫属（Turdus）的鸟类，主要分布在俄罗斯，伊朗，巴基斯坦，以及东南亚等国家和地区，在我国主要分布在东北、新疆、内蒙古、青海、甘肃、北京、云南、西藏等地。是一种中等体型的鸫。常见于海拔1000米~3000米的常绿林，成松散群体。有时与其他鸫类混合，在地面时作并足长跳。在全国范围内，鸫科现存4属37个种。鸫科物种的系统发育关系尚有争议。
根据实验需要，购买了相应的实验药品，进行了预试验，保证了实验的正常开展。
1.2 NCBI数据库下载后续分析所需数据；
根据实验数据的分析需要，下载了分析需要的物种的线粒体基因组序列，并用Mega 软件对线粒体序列进行了初步的比对（图1）。下载的数据能够满足后续分析的需要。
图1 线粒体编码基因比对的部分片段
1.3根据相近物种的序列信息，进行引物的合成。
通过Primer，根据近缘物种Turdus mupinensis的线粒体基因组序列，合成了需要的引物，为后续实验的开展奠定了基础。
1.4总DNA的提取，目的片段的扩增和克隆，目的菌液送测及数据初步分析
利用痕量样品基因组DNA提取试剂盒(Qiagen公司)对赤颈鸫血液组织提取基因组DNA，提取的
DNA 在 1.0% 琼脂糖凝胶上进行检测（图2），并储存在
-20℃ 备用。
图2 样本总DNA凝胶电泳图
获取总DNA后，根据之前设计的引物，首先通过聚合酶链式反应获得目的片段，采用切胶的方式进行纯化，进一步通过连接转化，挑菌送测，获得目的片段的序列。并进行了初步分析。
1.5数据分析及论文的撰写
利用Mega X 将测序的数据进行拼接和基因组组装，使用在线软件 MITOS对赤颈鸫基因组进行注释和预测。获得了赤颈鸫的线粒体基因组信息（图3）
图 3 赤颈鸫线粒体基因组
为从线粒体基因组角度探讨赤颈鸫与其它鹟总科物种的系统发育关系，结合本项目测序组装的赤颈鸫线粒体基因组和从 Genbank 数据库下载的 19个鹟总科鸟类的线粒体基因组，以麻雀作为系统发育分析外群构建系统发育树。本文通过利用PhyloSuite（v1.2.2），采用最大似然法（Maximum Likelihood，ML）进行系统发育分析，ModelFinder筛选到的最优模型为TVM + F+R4（AIC）。（图4）
图4 赤颈鸫及其它雀形目物种系统发育分析
1.6论文的撰写修改及投稿发表
根据我们的数据分析结果，撰写了研究论文，并完成投稿，与10月份正式发表在Mitochondrial DNA Part B-Resources杂志上。
2项目成绩及预期效果
以上工作的完成，达到了预期的效果，为结题报告的撰写奠定了重要的基础。后期会按照计划继续开展研究工作。
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